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La investigación se organiza en un grupo o grupos de investigación, cada uno de los cuales corresponde a un área, campo u objeto del conocimiento específicos. Los grupos deben agrupar a un colectivo de investigadores que interactúan entre sí, con referencia a su objeto de investigación.

Dentro de lo posible se debe evitar el fraccionamiento en distintos grupos del equipo de investigadores del ILAE, ya que ello puede debilitar el trabajo conjunto y llevar a una pérdida de potencia del enfoque interdisciplinario. Los grupos no deben organizarse con pautas disciplinares, ya que ello puede obstruir la perspectiva interdisciplinaria.

La investigación puede ser realizada de manera individual o con la participación de un equipo plural, puesto que su organización en grupos no restringe ni obliga a que los trabajos investigativos sean colectivos. En ese último sentido, será una investigación dentro de un grupo y no en un grupo. Sin embargo, la presentación y la discusión de los proyectos, avances e informes finales de investigación sí es un proceso que se cumple en el ambiente del grupo, para que los resultados investigativos puedan enriquecerse de las objeciones, interrogantes y sugerencias de los demás miembros del grupo.

Los grupos deben disponer de líneas de investigación, las cuales representan senderos temáticos que marcan el trabajo investigativo, que así no sólo puede ser agrupado de modo más especializado, sino además es posible visualizar la investigación como un proceso de construcción con un recorrido y un futuro. Las líneas no deben ser coyunturales.

Cada grupo puede tener un líder que cumple tareas de coordinación, como también, si llega a ser necesario, pueden designarse coordinadores de línea.

Además de líneas, los grupos de investigación poseen proyectos. El proyecto es un instrumento para la organización de la investigación y para su comunicación a terceros y, de manera esencial, comporta el planteamiento de un problema de pesquisa. Por lo demás, puede ser presentado de acuerdo con los ítems que sean necesarios para describirlo o que son exigidos por las agencias de financiamiento.

Aunque se reconoce la importancia de dar visibilidad a la labor investigativa en Colombia, el ILAE no concuerda con los parámetros de Colciencias sobre organización y categorización de grupos de investigación, y mucho menos con los criterios que tiene para la indexación de revistas, por lo que mantiene una posición crítica y de resistencia frente a los modelos burocráticos de organización de la ciencia y la investigación.

El categoría de investigador en el ILAE se adquiere por medio de la publicación, patente o registro de un trabajo investigativo, única forma de acreditar que se es un investigador activo. Los jóvenes investigadores adjuntos, sus proyectos y resultados pueden ser registrados en los grupos del ILAE, al igual que los trabajos de quienes hacen pasantías. Los estudiantes de programas de doctorado o de maestría, impartidos por ILAE, cuyas tesis sean dirigidas por investigadores del ILAE, podrán ser reportados en los grupos de investigación del Instituto. Si además los alumnos están vinculados a otros grupos de investigación, que patrocinan la participación en el programa de posgrado, la inscripción del trabajo podrá hacerse en ambos grupos como una coinvestigación.

Es posible desarrollar proyectos de investigación en asocio con otros grupos e instituciones, de acuerdo con las orientaciones de los órganos de dirección del ILAE.

El ILAE cuenta con un Consejo Científico, que cumple funciones de asesoría al Director General para la mejor ejecución de las políticas institucionales de investigación.

La libertad de investigación es un derecho fundamental que constituye principio capilar de la organización del trabajo investigativo en el Instituto, lo que se traduce en la autonomía del investigador para establecer el problema de investigación, lo mismo que para decidir los demás aspectos del proyecto y la ejecución del mismo, siempre con acatamiento de los compromisos contractuales que hayan podido ser adquiridos por el ILAE con terceros y, a su vez, de los investigadores con el ILAE.

La Dirección General del Instituto, en asocio con los demás órganos de gobierno según el caso, en especial con la asesoría del Consejo Científico, decide sobre la aprobación de la financiación de los proyectos de investigación.

Las labores de investigación de los estudiantes de los programas académicos de posgrado, impartidos por el Instituto en convenio con universidades, se rigen por los reglamentos respectivos.

La producción investigativa, la dinámica de la interacción entre los investigadores propiciada por los grupos de pesquisa, la biblioteca y los espacios físicos que sirven como escenarios de encuentro, tienen el propósito de gestar un ambiente de investigación, al servicio de sus objetivos.

En forma bianual, con la intervención de un jurado y del Director General del ILAE, se realizará la premiación al mejor trabajo de investigación producido por un integrante del cuerpo de investigadores del Instituto.

La docencia en programas académicos, en el contexto institucional del ILAE, siempre deberá aparecer ligada a la investigación. El Escalafón del Instituto, por ende, contiene las siguientes categorías: 1. Docente/Investigador Emérito: es la máxima categoría y se reconoce a quien ostente título académico de Doctor, obtenido en un programa de posgrado, que posea de manera alternativa publicaciones, obras de creación o de interpretación artística, patentes o registros. 2. Docente/Investigador: se reconoce a quien posea título de maestría de investigación y de manera alternativa publicaciones, obras de creación o de interpretación artística, patentes o registros. 3. Investigador Adjunto: se reconoce a quien se encuentra en proceso de formación como investigador.

El ILAE patrocinará las estancias de investigación, años sabáticos, participación en congresos, foros y seminarios internacionales que sean apropiados para el cumplimiento de sus objetivos institucionales. En especial, procurará la organización de redes de investigadores a nivel hispanoamericano y la incorporación de docentes investigadores de América Latina y de otros contextos a su equipo de investigadores o a los proyectos que ejecuta.

El ILAE remunerará de maneja justa y equitativa los trabajo de investigación, consultoría y docencia.